La Baia di Siracusa è compresa fra punta Spuntone e Punta della Mola ed è divisa in due dall'Isola di Ortigia: il Porto Marmoreo o Porto Piccolo a Nord ed il Porto Grande a Sud/Ovest.
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Porto Piccolo
Il molo settentrionale è orientato per 151° ed ha uno sviluppo di 250 m circa dalla radice. Il molo meridionale è orientato per 18° ed ha uno sviluppo di 140 m dalla radice. L'imboccatura è larga circa 50 m ed è segnata da due fanali rosso e verde intermittenti siti sulle testate dei due moli con visibilità di 3 mg. Il porto e banchinato nella parte S ed W al suo interno e situata la Sezione della Lega Navale Italiana che dispone di pontili attrezzati per le barche dei Soci .La banchina antistante e a disposizione della nautica in transito limitatamente ad un massimo di tre giorni,salvo avverse condizioni meteo. Gli utenti possono usufruire di acqua potabile ed energia elettrica per gli usi di bordo.( Contattare la Lega sul CB 31 per la disponibilita posti). Per l'ingresso e l'uscita dal Porto Piccolo si consiglia di consultare il portolano .
Porto Grande
E un porto naturale costituito da un'ampia baia a Sud del centro abitato delimitato a Nord dall'Isola di Ortigia ed a Sud dagli scogli di Punta Castelluccio.Lo specchio d'acqua misura nel senso N-S 3500 mt circa e nel senso E-W 2000mt circa. L'imboccatura e ampia poco piu di mezzo mg e va dal Castello Maniace verso SSE agli scogli di Punta Castelluccio. L'imboccatura è esposta a Levante e quindi i venti provenienti dai quadr. I e II creano una forte risacca; invece è riparato dai venti provenienti dal III e IV quadrante.
Le correnti lungo la costa fuori del porto dipendono dai venti e sono generalmente poco intense ma col grecale possono assumere velocità rilevanti. Nel Porto Grande esiste una corrente costante che proviene dalla riunione della corrente dell'Anapo con quella della Darsena e seguendo la costa Ovest dell'Isola di Ortigia esce dall'imboccatura del porto ed aumenta di intensità con il ponente-maestro.