Milazzo si trova sulla costa tirrenica della Sicilia. La città è il punto di partenza per raggiungere l'arcipelago delle isole Eolie, dal suo porto infatti partono quotidianamente i traghetti e gli aliscafi che effettuano il servizio di trasporto passeggeri e mezzi. Milazzo è collegata con Messina dalla strada statale 113 la distanza dalla città dell'omonimo stretto e di circa 40 chilometri. Invece dall'autostrada A20 si può raggiungere il capoluogo isolano, Palermo dista rispettivamente circa 225 chilometri. Via mare la città è collegata a Napoli, per i diportisti sono disponibili gli attracchi della banchina Luigi Rizzo e XX Luglio, con fondali compresi tra uno e nove metri. La Città di Milazzo aderisce al progetto "Borghi Marinari".