Il porto naturale č formato da una penisola articolata che racchiude un vasto specchio acqueo di circa 820.000 metri quadrati con imboccatura a NW di metri 400 e fondali che consentono l'attracco diretto alle banchine anche a navi di grosso tonnellaggio.Le banchine del porto si estendono per circa 1.800 metri a partire dalla sede a mare della Capitaneria di Porto , sita presso l'imboccatura (lato W) del porto, fino alla banchina Egeo. I fondali variano da 7 a 70 metri. La profonditą media dell'intero bacino č pari a 40 metri, mentre i fondali in banchina sono ricompresi tra i 6,5 e 11 metri. Le banchine, attrezzate con gru, fisse e mobili, e dotate di binari per i collegamenti ferroviari.
Nell'accesso in porto occorre mantenere la dritta verso il fanale verde, posto in prossimitą della sede operativa della Capitaneria di Porto, mentre in uscita occorre mantenere la dritta verso il fanale rosso, posto in prossimitą del Forte San Salvatore. Notevole č il traffico traghetti. La principale attivitą del porto di Messina č costituita dalla movimentazione dei passeggeri che nel 2005 ha raggiunto un totale di 9.603.498, nella cifra sono considerati i passeggeri che quotidianamente collegano la Sicilia con il continente.